Najbardziej ekscytującym zagadnieniem absorbującym uwagę fizyków zainteresowanych Całunem Turyńskim jest pytanie o fizykochemiczny mechanizm powstania wizerunku na płótnie. Ma on szereg cech takich, że laboratoryjne odtworzenie ich nie jest możliwe. To znaczy, że potrafimy wytworzyć podobny obraz o pewnym podzbiorze tych cech, nie znamy jednak mechanizmu pozwalającego zarejestrować wizerunek fizycznie i chemicznie taki sam.
Obraz na Całunie powstał w bardzo płytkiej warstwie powierzchniowej tkaniny, jego głębokość nie przekracza grubości trzech mikrowłókienek celulozy, tj. ok. 50 mikrometrów. Wyklucza to działanie substancji lotnych lub ciekłych, które musiałyby wniknąć znacznie głębiej. Możliwość, że mamy do czynienia z dziełem malarskim została już dawno wykluczona. W miejscach plam krwi nie doszło do zarejestrowania obrazu, dlatego niektórzy twierdzą, że najpierw były plamy krwi, potem obraz.
Wizerunek tworzą "uszkodzenia" włókien celulozy podobne do tych, jakie są skutkiem przypalenia żelazkiem podczas prasowania; mogą też powstać pod wpływem promieniowania jonizującego. Różnice zaciemnienia obrazu powstają wskutek różnic w ilości uszkodzonych włókienek przypadających na jednostkę powierzchni, przy jednakowym stopniu uszkodzenia każdego włókienka. Bodaj najciekawszą cechą wizerunku na Całunie jest jego quasi-trójwymiarowy (reliefowy) charakter. Odkrycie tego faktu jest obecnie stawiane na równi z odkryciem fotografa Secondo Pia, który pierwszy stwierdził, że obraz jest jakby negatywem fotograficznym (28.05.1898 r.).
W lutym 1976 roku, w Stanach Zjednoczonych, wizerunek na Całunie poddano oględzinom za pomocą analizatora obrazu VP8. Okazało się, że występuje zależność zaciemnienia obrazu od odległości płótna od modela (postaci, której wizerunek oglądamy) w zakresie od 0 do ok. 4 cm. Im bliżej elementów ciała znajdował się ekran (płótno), tym ciemniejszy był obraz. Szczegóły położone dalej niż ok. 4 cm, nie zostały w ogóle zarejestrowane. Całun Turyński nie jest więc prymitywną fotografią, jak się to niektórym badaczom wydawało. Aby odtworzyć taki wizerunek, sam model musiałby być źródłem promieniowania. Nie umiemy powiedzieć, co to za promieniowanie i jak taką falę wytworzyć.
Jeżeli chodzi o drugą zagadkę, czyli kwestię datowania płótna metodą izotopu C14: trzy niezależne, renomowane laboratoria uzyskały zgodne w granicach niepewności eksperymentalnej wyniki, wskazujące na powstanie płótna między latami 1260 a 1390. Najważniejsze jest tu pytanie o rolę zanieczyszczeń i skuteczność ich usuwania za pomocą standardowych metod oczyszczania. Pracom Garcii-Valdesa zawdzięczamy analizę zanieczyszczeń starych płóciennych tkanin. Pozostałości mikroorganizmów bytujących na takich tkaninach (bakterie, grzyby, roztocze, insekty itp.) tworzą powłokę niezwykle trwałą i odporną na działanie czynników fizycznych, a nadto mogą wbudowywać się w wewnętrzne kanały włókien tkaniny, skąd ich usunięcie jest niemożliwe.
W praktyce, chcąc wiarygodnie zbadać wiek tkaniny, należałoby umieć chemicznie wyekstrahować samą celulozę, pozostawiając wszystko inne i dopiero ten ekstrakt poddać dalszej analizie. Czy ktoś wie, jak to zrobić? Wielu badaczy zwraca też uwagę na fakt nieodpowiedniego, z punktu widzenia badawczego, wyboru miejsca pobrania próbek do datowania radiowęglowego. Było to miejsce, w którym najczęściej chwytano tkaninę, gdy rozkładano ją dla celów kultowych. Poza narażeniem na "zwykłe" czynniki (dymy, kopeć świec itp.) w materię wcierano ludzki pot i brud z dłoni.
Dla człowieka wierzącego kwestia autentyczności Całunu, jako płótna grobowego Jezusa z Nazaretu, nie ma większego znaczenia: jego wiara opiera się na innych podstawach. Całun jest jednak i niezależnie od wyniku badań pozostanie czymś w rodzaju "świętej ikony": wizerunkiem, który przemawia treścią raczej niż materią. Pozostanie źródłem inspirującym przemyślenia i przeżycia religijne, "oknem", przez które widać dalej i głębiej. Może kiedyś dowiemy się czegoś więcej, a może tajemnice pozostaną. Może właśnie to "okno" pozostanie bardziej przezroczyste i przez to będzie bardziej oknem.