Wierny, pracowity i obowiązkowy, ot był sobie człowiek...

Był realistą. Wiedział, że nie wystarczy mówić ludziom o Bogu, gdyż chory „od rana do nocy musi myśleć o tym, jak by podtrzymać to swoje nędzne życie”. Dopiero wtedy - rozumował ojciec Jan - trędowaci będą myśleć o Bogu i o własnym zbawieniu, gdy będą mieli zapewniony byt. Dlatego jego ideą stała się budowa szpitala dla 200 chorych. Niestety, nie znajdował poparcia, wręcz twierdzono, że to pomysł szalony, a miejscowy biskup jak mógł, utrudniał realizację tego projektu. Między innymi radził, aby ofiary na szpital przeznaczać na utrzymanie chorych. Ojciec Beyzym, nie mogąc liczyć na jego pomoc, postanowił zwrócić się o wsparcie do społeczeństwa polskiego. Śle także listy do różnych krajów. "Czy mi się kiedy, staremu durniowi śniło, że będę z całym światem korespondować?" - pytał jednego ze swoich znajomych.

Na Czerwonej Wyspie stworzył pionierskie dzieło, które uczyniło go przodownikiem i inicjatorem współczesnej opieki nad trędowatymi. Nie tylko opatrywał rany ciała, lecz także leczył dusze, starając się je przybliżyć do Boga i sakramentów. Zorganizował dla podopiecznych stałe duszpasterstwo, prowadził systematyczne nauczanie religijne, krzewił wśród nich kulturę, głosił rekolekcje, propagował szkaplerz i modlitwę różańcową. Pragnął, aby jego „czarne pisklęta” żyły i umierały jako dzieci Maryi. Za wszelką cenę pragnął, by uległy poprawie warunki bytowe jego podopiecznych. Zbierał resztki jedzenia, stare ubrania, lekarstwa i bandaże, remontował walące się baraki. Otaczając trędowatych troskliwą opieką, starał się nie tylko poprawić ich warunki materialne, ale pracował też nad ich duszami, aby ich życie stało się chrześcijańskim. Opanowując język malgaski, starał się zorganizować stałe duszpasterstwo i zaprowadził systematyczne nauczanie religijno-moralne, udzielał też sakramentów świętych, prowadził często rekolekcje. O. Beyzym wyznał, że prosił Matkę Najświętszą, by „raczyła dotknąć go porządnym trądem”. Chciał przyjąć „tę drobnostkę”, aby wybłagać polepszenie doli chorych i łaskę „zbawienia jak największej ilości trędowatych”. Uważał, że jako trędowaty będzie miał prawo powiedzieć Panu Jezusowi: „dałem duszę za moich braci” (por. 1 J 3, 16), to już był heroizm. Za ofiary, które wybłagał wśród rodaków w kraju i na emigracji, wreszcie mógł wybudować w Maranie szpital dla 150 chorych, którym pragnął zapewnić leczenie i przywrócić nadzieję. Szpital ten — pod wezwaniem Matki Boskiej Częstochowskiej — istnieje do dziś.

Sam Ojciec Jan, będąc zakonnikiem, wprowadził w swoim życiu wiele ograniczeń; było ono bardzo surowe i ubogie, co też w konsekwencji przyczyniło się do osłabienia organizmu. Wstawał o godzinie 3.30, kończąc pracę spoczynkiem po godzinie 22.00. Prawie nie jedząc, sypiał na gołej desce. Praca wśród trędowatych, liczna korespondencja oraz obowiązki kapłańskie sprawiły, iż stan zdrowotny o. Jana ulegał pogorszeniu. W 1912 roku misjonarz wyraźnie podupadł na zdrowiu, do czego przyczyniły się częste i ciężkie ataki febry, jakich doświadczał przez cały pobyt na misjach. Mimo osłabienia 15 sierpnia 1912 roku misjonarz rozpoczął udzielanie ośmiodniowych rekolekcji siostrom zakonnym, jednak piątego dnia na skutek silnego ataku febry całkowicie przerwał swoją pracę. Lekarz stwierdził błonicę, zwapnienie żył, dolegliwości serca oraz ogólne wyczerpanie.