Kiedy spostrzegł się Święty, że jego napomnienia są daremne, że żadnej nie ma poprawy, a złe obyczaje dalej się szerzą, po pięciu latach rządów (983-988) postanowił opuścić niewdzięczną stolicę, by przynajmniej nie mieć odpowiedzialności za winy swojego narodu. Najpierw udał się Święty do Moguncji, do metropolity św. Willigisa po poradę. Arcybiskup pełnił wtedy równocześnie funkcję kanclerza państwa. Następnie skierował swoje kroki, za jego zgodą, do Rzymu, aby u papieża szukać rady i prosić o zwolnienie z obowiązków. Od cesarzowej Konstantynopola, Teofano, otrzymał znaczny zasiłek w srebrze, by po zrzeczeniu się biskupstwa miał na swoje utrzymanie. Święty rozdał srebro między ubogich a orszak biskupi odprawił do Czech. Kiedy w drodze w Rawennie ktoś go zapytał, dlaczego nie niesie ze sobą insygni biskupich, odparł: „Łatwiej jest nieść pastorał, ale trudniej zdać liczbę z włodarzenia”.
Mnich benedyktyński
Papież Jan XV, przyjął z miłością udręczonego biskupa Pragi. Nie zwolnił go wprawdzie z obowiązków, ale pozwolił mu na czas pewien od nich się oddalić. Postanawia zatem św. Wojciech udać się pieszo z bratem Radzimem do Ziemi Świętej jako pielgrzym. Kiedy był w drodze na Monte Cassino tamtejsi mnisi chcieli go zatrzymać u siebie, aby wyświęcał ich kościoły i mnichów na kapłanów. Byli bowiem wtedy w zatargu z miejscowym biskupem. Święty na to jednak się nie zgodził. Udał się więc dalej na południe do Gaety. W pobliżu miasta zatrzymał się, gdzie spotkał się ze słynnym mnichem bazyliańskim, św. Nilem. Ten poradził mu, aby wstąpił do benedyktynów w Rzymie. Tak też św. Wojciech uczynił. Przyjął go w opactwie św. Bonifacego i Aleksego na Awentynie przełożony, Leon. Wraz ze swoim bratem, bł. Radzimem, w Wielką Sobotę w roku 990 złożył św. Wojciech profesję zakonną. Żywoty wszystkie podkreślają, że z wielką pokorą wypełniał wszystkie obowiązki zakonne, jakby od dawna był jednym z mnichów. Działo się to w latach 33-36 jego życia. W rządach diecezją praską zastępował tymczasem św. Wojciecha biskup Miśni, Falkold. W charakterze mnicha przebywał św. Wojciech w Rzymie w latach 989-992.
Powrót do Pragi
A jednak św. Wojciechowi nie było danym zażywać błogiego spokoju. Zmarł właśnie jego sufragan i zastępca, Falkold (+ 992). Państwo czeskie uległo pomniejszeniu przez przyłączenie przez Bolesława Chrobrego ziemi krakowskiej. Czesi udali się do metropolity w Moguncji, aby zmusić św. Wojciecha do powrotu. Ten natychmiast przez posłów wysłał dwa listy: do Wojciecha i do papieża. _Był to rok 992. Papież zwołał synod i po naradzie nakazał św. Wojciechowi wracać do Pragi. Św. Wojciech po trzech i pół roku opuścił klasztor, zabrał ze sobą kilkunastu zakonników z opactwa i założył nowy klasztor w Brzewnowie pod Pragą. Biskup zabrał się najpierw do budowy kościołów tam, gdzie były osady ludzkie. Był bowiem zwyczaj, że kościoły były w zasadzie przy grodach możnych panów, którzy nad nimi mieli pieczę. W porozumieniu z księciem wprowadzono dziesięciny, aby Kościołowi w Czechach zapewnić stałe dochody. Dotąd bowiem były one uzależnione od kaprysów możnych. Święty wysłał misjonarzy na Węgry i sam był tam również. Stąd powstała opowieść, że udzielił Chrztu świętego św. Stefanowi, przyszłemu władcy Węgier.
Te jednak obiecujące poczynania zakończyły się niebawem zupełną klęską. Zaważył na tym bezpośrednio następujący wypadek. Na dworze książęcym w Pradze pochwycono na cudzołóstwie kobietę z możnego rodu Werszowców. Urażony śmiertelnie mąż zamierzał ją zabić. Ta jednak schroniła się do św. Wojciecha. Ten udzielił jej azylu w klasztorze benedyktynek, który stał w pobliżu zamku przy kościele Św. Jerzego. Tam jednak wpadli siepacze, wywlekli ofiarę i zamordowali na miejscu. Św. Wojciech rzucił na nich klątwę. W akcie zemsty Werszowcowie napadli na Libice, rodzinny gród św. Wojciecha. Gród spalono, ludność zapędzono w niewolę, wymordowano czterech braci św. Wojciecha wraz z ich rodzinami - to jest żonami i dziećmi. Działo się to 28 września 995 roku. Ocalał tylko najstarszy brat św. Wojciecha, Sobiebór, który w tym czasie był poza granicami Czech5. Sytuacja była tak gorąca, że Święty nie był pewny nawet swojego życia. Złamany tym wszystkim po niecałych zaledwie trzech latach, św. Wojciech udaje się potajemnie ponownie do Rzymu, gdyż jawnie by mu nie pozwolono. Na Awentynie przyjęto go serdecznie. Papież również okazał mu dużo życzliwości. Był rok 995.