"Życie Andrzeja Boboli jaśniało blaskiem prawdziwej wiary. Jej moc, mająca swe źródło w Bożej łasce, rozwijała się i wzrastała z biegiem lat, ozdabiała go szczególnie i uczyniła niezłomnym w obliczu męczeństwa" – tak napisał o nim papież Pius XII w encyklice "Invicti athletae Christi".
Jak zginął?
Czasy, w których przyszło św. Andrzejowi pracować, były bardzo burzliwe: nieudana wyprawa królewicza Władysława na Moskwę po koronę carów (1617-1618), wojna turecka, zakończona Cecorą (1620), wojna ze Szwecją również o koronę (1621-1629), powstanie chłopsko-kozackie pod wodzą Tarasa Fedorowicza (1630), ponowna wojna z Rosją (1632-1634), ponowna wojna z Turcją (1635), nowe powstanie na Ukrainie pod wodzą Pawluka (1637), wspólna akcja polsko-rosyjska przeciwko Tatarom (1646-1647), wybuch powstania na Ukrainie pod wodzą Bohdana Chmielnickiego (1648-1654), wojna polsko-rosyjska (1654-1656), najazd szwedzki na Polskę (1655-1660) i najazd Rakoczego (1657) — oto obraz sytuacji politycznej.
To powodowało zamęt i obniżenie obyczajów. Do napięć politycznych przyłączyły się religijne. W obronie prawosławnej cerkwi wystąpił najpierw wódz Kozaków, Piotr Konaszewicz, potem zaś z wiele większą gwałtownością Bohdan Chmielnicki. Cały kraj znalazł się pod „ogniem i mieczem”, jak to trafnie określił w swojej powieści Henryk Sienkiewicz. Pińsk jako miasto pogranicza Rusi i prawosławia był szczególnie narażony. Zniszczony w roku 1648, odbity przez wojska polskie, w roku 1655 zostaje ponownie zajęty przez wojska carskie, które wśród ludności miejscowej urządziły rzeź. W roku 1657 Pińsk jest w rękach polskich i jezuici mogą wrócić tu do normalnej pracy. Ale jeszcze w tym samym roku wkracza do Polski z Węgier Rakoczy i zajmuje Brześć nad Bugiem. Korzystają Kozacy i ponownie najeżdżają Polskę. W maju roku 1657 Pińsk zajmuje oddział kozacki pod dowództwem Jana Lichego. Najbardziej zagrożeni jezuici: Maffon i Bobola opuszczają miasto i chronią się ucieczką. Muszą kryć się po okolicznych wioskach. Dnia 15 maja o. Maffon zostaje ujęty w Horodcu przez oddział Zielenieckiego i Popeńki i na miejscu ponosi śmierć męczeńską.
Św. Andrzej Bobola schronił się do Janowa, odległego od Pińska około 30 kilometrów. Stamtąd udał się do wsi Peredił. Dnia 16 maja do Janowa wpadły oddziały i zaczęły mordować Polaków i Żydów. Wypytywano, gdzie jest o. Andrzej. Na wiadomość, że jest w Peredilu wzięli ze sobą jako przewodnika Jakuba Czetwerynkę. Św. Andrzej na prośbę mieszkańców wsi, którzy dowiedzieli się, że jest poszukiwany, chciał wozem użyczonym ratować się ucieczką. Kiedy dojeżdżali do wsi Mogilno napotkali oddział żołnierzy. Zdarto ze świętego suknię kapłańską, na pół obnażonego zaprowadzono pod płot, przywiązano go do słupa i zaczęto bić nahajami, było to na wiosnę. W polu pracowało wielu wieśniaków, którzy byli świadkami. Kiedy jednak ani namowy, ani krwawe bicie nie złamało Męczennika, aby się wyrzekł wiary, oprawcy ucięli świeże gałęzie wierzbowe, upletli z niej koronę na wzór Chrystusowej i włożyli ją na głowę kapłana tak, aby jednak nie pękła czaszka. Zaczęto go policzkować, aż wybito mu zęby, wyrywano mu paznokcie i zdarto skórę z górnej części ręki.
Odwiązali go wreszcie oprawcy i okręcili sznurem, a dwa jego końce przymocowali do siodeł. Tak musiał Święty biec za końmi, popędzany kłuciem lanc. W Janowie był właśnie targ. Tłum zaczął się gromadzić. Przyprowadzono kapłana przed dowódcę. Ten zapytał: „Jesteś ty ksiądz?". „Tak", odparł Święty. „Moja wiara prowadzi do zbawienia. Nawróćcie się". Dowódca zamierzył się szablą i byłby zabił Świętego, gdyby ten nie zasłonił się ręką, która została zraniona. Kapłana zawleczono do rzeźni miejskiej, rozłożono go na stole i zaczęto przypalać go ogniem. Na miejscu tonsury wycięto mu ciało do kości na głowie, na plecach wycięto mu skórę w formie ornatu, rany posypywano sieczką, odcięto mu nos, wargi, wykłuto mu jedno oko. Kiedy z bólu i jęku wzywał stale imienia Jezus, w karku zrobiono otwór i wyrwano mu język u nasady. Potem powieszono Męczennika twarzą do dołu. Uderzeniem szabli w głowę zakończył dowódca nieludzkie męczarnie kapłana dnia 16 maja 1657 roku.